Le master Ingénierie Nucléaire a été créé en 2001 sous la forme d'un Diplôme d'Études Supérieures Spécialisées (DESS). Il a longtemps été nommé Ingénierie Traçabilité Développement Durable (ITDD) avant de prendre son nom actuel en 2016, sans changement notable du programme ou des objectifs pédagogiques.

L'année de master 1 a été créée en 2008. Elle a pour but de compléter l'offre de formation et de proposer aux étudiant(e)s une formation complète et un programme cohérent sur deux ans.

Depuis 2009, l'année de master 2 fonctionne intégralement sous le régime de l'alternance (contrats d'apprentissage et de professionnalisation). Cette évolution a permis de concrétiser le principe de la co-formation avec l'industrie qui était présent dès la création du master.

Le master Ingénierie Nucléaire (ITDD) a diplômé plus de 700 étudiant(e)s, dont la quasi totalité travaillent actuellement dans l'industrie nucléaire